Растение использует питательные элементы в виде ионов. Считаешь, что ионы, например, азота из минерального удобрения или из навоза могут быть разные?
Азот - он и есть азот, хоть из навоза, хоть из селитры...
Вот другое дело - всякие пестициды от болезней и вредителей. При неправильном применении они могут оставаться в растениях, когда их уже на стол подают.
Можно во имя натуральности не бороться с вредителями и болезнями, но, тогда можно и вообще никакого урожая не получить... Колорадский жук сожрёт картошку, а фитофтора - помидоры.